Sejalan dengan visi Badan Litbang Pertanian pada tahun 2014 menjadi lembaga penelitian dan pengembangan pertanian berkelas dunia yang menghasilkan dan mengembangkan inovasi teknologi pertanian untuk mewujudkan pertanian industrial unggul berkelanjutan berbasis sumberdaya lokal, maka salah satu misi yang dilaksanakan adalah mengembangkan jaringan kerja sama nasional dan internasional dalam rangka penguasaan iptek dan peningkatan peran Badan Litbang Pertanian dalam pembangunan pertanian. Untuk itu program kerjasama penelitian dengan berbagai institusi baik di dalam maupun di luar negeri akan terus dilaksanakan dan ditingkatkan. Beberapa prinsip dasar yang harus selalu melandasi setiap kegiatan kerja sama penelitian dan pengembangan, antara lain : (a) saling membutuhkan, saling mengisi, saling melengkapi, dan saling memperkuat; (b) menghindari tumpang tindih kegiatan dan pendanaan; (c) azas kesetaraan, keadilan, dan kebersamaan; (d) memperhatikan etika profesionalisme, dan azas saling membantu dan mendukung.
Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian telah menghasilkan berbagai teknologi, formula, model dan lain-lain, yang merupakan kekayaan intelektual sebagai aset penting bagi pembangunan pertanian. Sejalan dengan fungsi pelayanan publik, Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian ke depan harus terus mengupayakan pemanfaatan kekayaan intelektual tersebut melalui kerja sama.Di dalam negeri, kerja sama penelitian dijalin dengan perguruan tinggi, instansi pemerintah dan non pemerintah, swasta maupun perorangan. Program kerja sama ini terutama diarahkan untuk memacu pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi serta mempercepat alih teknologi kepada pengguna hasil-hasil penelitian, khususnya pengusaha yang bergerak di bidang pertanian/agribisnis.
Kerja sama luar negeri telah dijalin melalui hubungan bilateral, multilateral maupun regional. Berdasarkan sifatnya, kerja sama luar negeri ini dapat dibedakan menjadi: