Badan Litbang Pertanian secara aktif menggali, membina dan mengembangkan program kerja sama penelitian dengan berbagai institusi baik di dalam maupun di luar negeri.
Di dalam negeri, kerja sama penelitian dijalin dengan perguruan tinggi, instansi pemerintah dan non pemerintah, swasta maupun perorangan. Program kerja sama ini terutama diarahkan untuk memacu pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi serta mempercepat alih teknologi kepada pengguna hasil-hasil penelitian, khususnya pengusaha yang bergerak di bidang pertanian/agribisnis.
Kerja sama luar negeri telah dijalin melalui hubungan bilateral, multilateral maupun regional. Berdasarkan sifatnya, kerja sama luar negeri ini dapat dibedakan menjadi: