Di dalam negeri, kerja sama penelitian dijalin dengan perguruan tinggi, instansi pemerintah dan non pemerintah, swasta maupun perorangan. Program kerja sama ini terutama diarahkan untuk memacu pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi serta mempercepat alih teknologi kepada pengguna hasil-hasil penelitian, khususnya pengusaha yang bergerak di bidang pertanian/agribisnis.
KKP3T merupakan kegiatan kerja sama penelitian kemitraan antara UK/UPT lingkup Badan Litbang Pertanian dengan Perguruan tinggi yang dibiayai dari DIPA Badan Litbang Pertanian. Kerjasama tersebut dibagi menjadi bidang penelitian sebagai berikut :
Melalui program insentif, Badan Litbang Pertanian melaksanakan 13 judul penelitian.
Perakitan Varietas Jagung QPM (Kuning dan Putih) Tahan terhadap Kumbang Bubuk Sitophilus zeamais Motschulsky (Coleoptera Curculionidae)
Kajian Akselerasi Inovasi Teknologi Berbasis Komoditas Jagung dalam Mendukung Ketahan Pangan di Sulawesi Selatan
Karakterisasi Mutu dan Pengaruh Proses Fratanak terhadap Indeks Glikemik berbagai Varietas Beras di Indonesia untuk Meningkatan Kesehatan Masyarakat dan ketahan Pangan
Peningkatan Ketahanan terhadap Lahan Masam pada Tanaman Jagung melalui Kultur Invitro
Peningkatan Kapasitas Regenerasi Kultur Meristam jahe (Zingiber Officinale Rosc.) melalui Embriogenesis Somatik untuk Menghasilkan Benih Sehat Berimpang Normal
Penerapan Teknologi Fusi Protoplasm dalam Perakitan Jeruk Lokal Tipe Baru
Pemanfaatan Pseudomonas Fluoresen sebagai Agen Pengimbas Ketahanan Tanaman dalam Mengendalikan Penyakit Layu Bakteri dan Meningkatan Pertumbuhan Nilam
Pemanfaatan Bakteri Endofit untuk Menginduksi Ketahanan Tanaman terhadap Infeksi Nematoda Peluka Akar (Pratylenchus Brachyurus) pada Tanaman Nilam>
Perbaikan Genetik Padi Fatmawati untuk Ketahanan terhadap Penyakit Blast melalui Mutasi dan Kultur Antera
Uji Ekspresi Gen Partenokarpi DefH9-iaaM pada Galur Tomat Transgenik
Pada tahun 2005 Badan Litbang Pertanian melakukan kerjasama penelitian dengan mitra nasional/dalam negeri sebanyak 204.
Pada tahun 2005 Badan Litbang Pertanian melakukan kerjasama penelitian dengan mitra nasional/dalam negeri sebanyak 199.
Pada tahun 2004 Badan Litbang Pertanian melakukan kerjasama penelitian sebanyak 191 dengan mitra nasional dan perguruan tinggi.