Kerja sama dalam negeri adalah suatu kesepakatan untuk melakukan penelitian dan pengembangan antara UK/UPT Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian dengan mitra kerja sama dalam negeri. Kegiatan penelitian dan pengembangan dimaksud meliputi : penelitian, pengembangan, pengkajian, perekayasaan, pemetaan, bimbingan teknologi, evaluasi/karakterisasi sumberdaya pertanian, serta pertukaran dan pemanfaatan informasi.
Kegiatan Kerja sama litbang pada dasarnya bertujuan untuk : (a) mempercepat pematangan teknologi seperti uji verifikasi, uji multilokasi, uji adaptasi, uji kelayakan, dll; (b) mempercepat diseminasi dan adopsi teknologi; (c) mempercepat pencapaian tujuan pembangunan pertanian; (d) Meningkatkan capacity building Unit Kerja/Unit Pelaksana Teknis (UK/UPT) lingkup Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian, (e) Mendapatkan umpan balik untuk penyempurnaan teknologi, (f) Menciptakan alternatif sumber pembiayaan litbang.
Kerja sama dalam negeri harus dilakukan formal institusional, yang dituangkan ke dalam dokumen bersifat kontraktual (Memorandum of Understanding/MOU, kontrak Kerja sama) ditandatangani oleh para pihak dan bersifat non-kontraktual yang dituangkan ke dalam surat kesepakatan para pihak. Dalam proses penandatanganan dokumen kerja sama kontraktual harus mempertimbangkan kesetaraan (jabatan) para pihak yang mengikat Kerja sama.
Jenis Kerja sama Dalam Negeri adalah:
1. Kerja sama dengan Instansi Pemerintah/Pemda (Prov, Kab,Kota)
2. Kerja sama dengan Swasta Nasional/LSM
3. Kerja sama dengan Perguruan Tinggi/Lembaga Penelitian Lain (RISTEK, BATAN,LIPI)
4. Kerja sama Internal
Kerjasama dengan Instansi Pemerintah/Pemda (Provinsi, Kabupaten, Kota) Kerja sama dengan Swasta Kerja sama dengan Perguruan Tinggi / KKP3T Kerja sama dengan Lembaga Penelitian
Kerja sama dengan Instansi Pemerintah/Pemda (Provinsi, Kabupaten, Kota) Kerja sama dengan Swasta Kerja sama dengan Perguruan Tinggi / KKP3T Kerja sama dengan Lembaga Penelitian Kerja sama dengan Internal
KKP3T merupakan kegiatan kerja sama penelitian kemitraan antara UK/UPT lingkup Badan Litbang Pertanian dengan Perguruan tinggi yang dibiayai dari DIPA Badan Litbang Pertanian. Kerja sama tersebut dibagi menjadi bidang penelitian sebagai berikut :
Melalui program insentif, Badan Litbang Pertanian melaksanakan 13 judul penelitian.
Perakitan Varietas Jagung QPM (Kuning dan Putih) Tahan terhadap Kumbang Bubuk Sitophilus zeamais Motschulsky (Coleoptera Curculionidae)
Kajian Akselerasi Inovasi Teknologi Berbasis Komoditas Jagung dalam Mendukung Ketahan Pangan di Sulawesi Selatan
Karakterisasi Mutu dan Pengaruh Proses Fratanak terhadap Indeks Glikemik berbagai Varietas Beras di Indonesia untuk Meningkatan Kesehatan Masyarakat dan ketahan Pangan
Peningkatan Ketahanan terhadap Lahan Masam pada Tanaman Jagung melalui Kultur Invitro
Peningkatan Kapasitas Regenerasi Kultur Meristam jahe (Zingiber Officinale Rosc.) melalui Embriogenesis Somatik untuk Menghasilkan Benih Sehat Berimpang Normal
Penerapan Teknologi Fusi Protoplasm dalam Perakitan Jeruk Lokal Tipe Baru
Pemanfaatan Pseudomonas Fluoresen sebagai Agen Pengimbas Ketahanan Tanaman dalam Mengendalikan Penyakit Layu Bakteri dan Meningkatan Pertumbuhan Nilam
Pemanfaatan Bakteri Endofit untuk Menginduksi Ketahanan Tanaman terhadap Infeksi Nematoda Peluka Akar (Pratylenchus Brachyurus) pada Tanaman Nilam>
Perbaikan Genetik Padi Fatmawati untuk Ketahanan terhadap Penyakit Blast melalui Mutasi dan Kultur Antera
Uji Ekspresi Gen Partenokarpi DefH9-iaaM pada Galur Tomat Transgenik
Pada tahun 2005 Badan Litbang Pertanian melakukan Kerja sama penelitian dengan mitra nasional/dalam negeri sebanyak 204.
Pada tahun 2005 Badan Litbang Pertanian melakukan Kerja sama penelitian dengan mitra nasional/dalam negeri sebanyak 199.
Pada tahun 2004 Badan Litbang Pertanian melakukan Kerja sama penelitian sebanyak 191 dengan mitra nasional dan perguruan tinggi.